Cea mai "tânără" secţie a clubului, cea de baseball, a demarat activitatea în anul şcolar 1992-1993 cu o grupă de avansaţi şi una de începători, în coordonarea profesorului Vasilache Alexandru, unul din promotorii acestui sport în România. Chiar dacă baseball-ul este ramură sportivă nouă, la Călăraşi "a prins" foarte bine, echipele de juniori câştigând de-a lungul anilor multe titluri şi medalii, la toate categoriile de vârstă. Acest lucru s-a datorat priceperii şi pasiunii profesorului Vasilache Alexandru, dar şi mai tânarului său coleg şi fost elev, prof. Bălan Ion.
Foarte mulţi sportivi de la secţia de baseball s-au remarcat nu numai în echipa clubului dar şi ca membrii ai lotului naţional. Iata unii dintre ei: Marian Drăgan, Vasilache Dominic, Gelu Alexandru Gheorghe, Ion Bălan, Pompilius Petcovici, Marian Ciobanu, Panait Virgil, Danilă Razvan, Negruţ Cristian, Prodan Costel, Manole Adrian, Craiu Răzvan, Barbu Petrică, Ţuluca Costel, M. Tudorel, Preda Marius, Chirea Mihaita, Pupaza Alin Silviu, Stănescu Sorin, Boroş Alexandru, Brînduşă Teodor, Stanciu Florin, Teodor Zainea, Buga Gabriel, Dumitru Costin, Ulmeanu Petrică, Borcea Ionut, Serban Iulian, Capraru Alexandru, Josiman Mihai, Pană Cosmin, Macinic Ionut, Fătu Alin, Berchetaru Nicusor, Chiriţă Remus, Burlacu Cezar, Secăreanu Cristian, Simion Marian, Marin Mihai, Pucheanu Marian, Chiru Ionuţ
În anul școlar 2022-2023 CSS Călărași are la secția baseball următoarea încadrare:
prof. Ion Bălan
- grupa de performanță 102 (masculin) - participă în Campionatul Național Juniori 1
- grupa de avansati 203 (masculin) - participă în Campionatul Național Juniori 2
- grupa de începători 305 (masculin) - participă în Campionatul Național Juniori 3
prof. Iulian Șerban (com. Independența)
- grupa de începători 306 (masculin) - participă în Campionatul Național Juniori 3